Posts

绘制带有误差棒的条形图

鉴于以后要大量使用Linux系统处理生物信息学数据，因此加强自身linux系统的学习，开辟一个新的分类专门记录我学习Linux的学习笔记，一是为了我自己以后方便查看，二也是希望能帮助到其他学习Linux系统的人，共勉！！！

为了进一步加强以及整合自己data science的能力，最近打算在 我的博客开辟一个新类r4ds，专门用来记录学习Hadley Wickham大神的新作 R for Data Science的读书笔记。该书推荐我们入门data science可以从可视化开始，这也是该书目录布局的第一章。因此开始学习R语言可视化。

Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，ggplot2的部分语法是很晦涩的。为此 Alboukadel Kassambara创建了基于ggplot2的可视化包ggpubr用于绘制符合出版物要求的图形。

上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示

基于ggplot2包以及corrplot包的相关矩阵可视化包ggcorrplot，ggcorrplot包提供对相关矩阵重排序以及在相关图中展示显著性水平的方法，同时也能计算相关性p-value

计算相关矩阵

R内置函数cor()可以用来计算相关系数：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))，如果数据有缺失值，用cor(x, method = "pearson", use = "complete.obs")。

使用k-means聚类所需的包：

• factoextra
• cluster

当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠，包 ggrepel就专门用来解决这个问题！ 首先我们来看看通过geom_text()添加标签时的情形：