Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，ggplot2的部分语法是很晦涩的。为此 Alboukadel Kassambara创建了基于ggplot2的可视化包ggpubr用于绘制符合出版物要求的图形。
上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示
基于ggplot2包以及corrplot包的相关矩阵可视化包ggcorrplot，ggcorrplot包提供对相关矩阵重排序以及在相关图中展示显著性水平的方法，同时也能计算相关性p-value
计算相关矩阵
R内置函数cor()可以用来计算相关系数：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))，如果数据有缺失值，用cor(x, method = "pearson", use = "complete.obs")。
使用k-means聚类所需的包：
factoextra cluster
当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠，包 ggrepel就专门用来解决这个问题！ 首先我们来看看通过geom_text()添加标签时的情形：
简介 本文主要简单介绍一下magick包，主要用于图像处理
circlize包
circlize包在德国癌症中心的华人博士Zuguang Gu开发的，有兴趣的可以去看看他的 Github主页。这个包有两个文档，一个是介绍基本原理的绘制简单 圈圈图的，也是本次要介绍的。另外一份文档专门介绍基因组数据绘制圈圈图 Genomic Circos Plot,我自己还没看完，下次再介绍。 根据我的学习发现这个包与ggplot2很相似，也是先创建一个图层，然后不断的添加图形元素（point、line、bar等），这些简单的图形元素都有circos.这个前缀进行绘制，比如要绘制点，则用circos.points()。具体的下面一一介绍。