A shinyapp for performing GWAS in rapeseed based on a core collection
An interactive web portal for exploring SNPs among 1007 rapeseed germplasm accessions
简介 前面我将 ShinyApp部署在阿里云上，阿里云只提供ip，不方便记忆，需要我们自己购买域名，为了方便后续域名解析绑定，所以我在阿里云又购买了域名bnapus-zju.com。域名的解析以及绑定在阿里云上十分简单，这里就不细讲了。下面就是讲一下如何使用Nginx反向代理以及使用HTTPS来保护ShinyApp。
ggplot2绘制的图形如果需要修改细节的话，没有对ggplot2有一定的了解的话是十分困难的，毕竟连创建这个包的作者Hadley Wickham都自称自己使用ggplot2的时候都需要查文档。在对ggplot2有一定了解的基础上如果需要修改ggplot图的话稍微查查文档基本能解决。
简介 本文内容基本是来源于 STHDA，这是一份十分详细的ggplot2使用指南，因此我将其翻译成中文，一是有助于我自己学习理解，另外其他R语言爱好者或者可视化爱好者可以用来学习。翻译过程肯定不能十全十美，各位读者有建议或改进的话，十分欢迎发Email(tyan@zju.edu.cn)给我。
简介 ggplot2有一个十分重要的功能就是分面，而今天要讲得R包ggpubr中也有一个函数facet()专门用来进行分面操作。
简介 越学习包ggpubr越感觉其功能强大，本文主要讲解一下如何修改图形参数，我们知道ggplot2有着十分强大的绘图功能，但是其参数之复杂足以让人望而却步。ggpubr提供的函数ggpar()可以十分轻松地让我们修改图形参数，并且可以无缝对接到ggplot图形中。ggpar()可以修改以下图形参数：
图形标题，包括坐标轴标题以及图例标题 图例的位置以及外观 颜色必需的能修改 坐标轴limits 坐标转换 坐标刻度 主题 翻转等
本文主要利用ggpubr包来探索基因组数据,主要是可视化TCGA基因组数据的基因表达谱。
R语言基本绘图函数中可以利用par()以及layout()来进行图形排列，但是这两个函数对于ggplot图则不太适用，本文主要讲解如何对多ggplot图形多页面进行排列。主要讲解如何利用包gridExtra、cowplot以及ggpubr中的函数进行图形排列。