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最近有一批转录组数据需要分析，从公司拿到raw data之后进行后续分析。目前转录组测序十分成熟，测序质量都很高，所以我这里就简单地质控一下，由 fastp完成。

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前面已经粗略学了一下gganimate的部分语法，下面继续。

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一年多以前我就写了篇R语言动画的博客: R语言可视化学习笔记之gganimate包。当时使用的是由 David Robinson开发的gganimate。后面由 Thomas Lin Pedersen接手，推倒重来，拓展了很多动画语法。具体的可参考 Thomas Lin Pedersen的 gganimate的Github主页。

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Sabeti在2002年的时候提出了一种叫做Extended Haplotype Homozygosity (EHH)的统计方法，用来扫描全基因组范围内的选择印记。在此基础上又衍生出了iHS、XP-EHH以及Rsb等统计方法。R包rehh实现了这几种统计方法的封装。

一句话总结

大豆、玉米驯化过程中AT碱基含量显著上升。

文件准备

利用EMMAX进行GWAS分析需要以下文件

Circos的配置文件准备

Circos的使用主要通过输入一个配置文件，改配置文件的主要内容以各种区块表示，大区块中可以包含小区快。区块中以"变量=值"的方式来进行参数的设定：

<links>
<link>
  file = data/set1.txt
  color = black
  ...
</link>
<link>
  file = data/set2.txt
  color = red
  ...
</link>
</links>

有些配置文件不需要改动，比如颜色、字体等，一般将这类信息保存到一个独立的配置文件中。只需要在主配置文件中声明包含这些独立的配置文件名及其路径，即表示使用这些配置信息。最常用的放置到主配置文件尾部的数行

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这篇文章来源于 @drsimonj的 博客

最近为了绘制几幅简单地图，查阅了一些资料，看到了Markus konrad的 帖子，非常赞。其中他的部分思路对于我们学习可视化很有帮助。