Visualization

R语言可视化学习笔记之ggridges包

简介 ggridges包主要用来绘制山峦图。尤其是针对时间或者空间分布份可视化具有十分好的效果。ggridges主要提供两个几何图像函数: geom_ridgeline():主要绘制山脊线图 geom_density_ridges():主要根据密度绘制山脊线图 具体用法可以参考 官方文档

关于如何修改坐标轴表达式以及分面图例的一个例子

ggplot2绘制的图形如果需要修改细节的话,没有对ggplot2有一定的了解的话是十分困难的,毕竟连创建这个包的作者Hadley Wickham都自称自己使用ggplot2的时候都需要查文档。在对ggplot2有一定了解的基础上如果需要修改ggplot图的话稍微查查文档基本能解决。

Lesson 08 for Plotting in R for Biologists

这节课是最后一节课,主要将如何绘制热图(heatmap)。实际上关于热图的绘制,我以前写了一篇博客: R语言学习笔记之热图绘制,里面写的十分详细。但是今天热图绘制主要利用一个新的R包ComplexHeatmap进行绘制。

Lesson 05 for Plotting in R for Biologists

这节课作者命名为"Tweaking everything in a plot"。主要是对图形细节进行优化,包括: 题目(title)、坐标轴标签、图例标签等 字体 颜色 背景 网格线等

Lesson 04 for Plotting in R for Biologists

上次将Lesson 02&03一起讲解完了,在Lesson 04中主要解决下面几个问题 剔除掉染色体前缀chr 对染色体进行正确排序 对数据进行过滤 对部分type重命名

“Lesson 02&03 for Plotting in R for Biologists”

Lesson02主要讲了如何从Excel导入数据以及如何从UCSC、ENSEMBL和RENCODE上下载数据,因此我就将Lesson02并入Lesson03一起讲了。

Lesson 01 for Plotting in R for Biologists

简介 老早之前就知道了这门课 Plotting in R for Biologists,一直没有去学习一下,最近花时间看了一遍videos,发现讲的很不错,虽然有一节有一知识点讲的不是很清楚。学了一遍之后记点笔记,这是lesson1的学习笔记。这一节主要讲了数据读取、快速绘图以及图形保存。

Lesson 06 for Plotting in R for Biologists

前面几节课绘制的图形只有条形图,但是我们科研过程中需要绘制各种各样的图形来展现我们的数据,这节课就主要讲一下利用ggplot2绘制各种图形,这也是ggplot2的魔力所在。相同的数据可以通过不同类型的图形来可视化。本节课主要将绘制以下几类图形: 条形图 直方图 散点图 箱线图 小提琴图 密度图 点状图 线图 饼图 韦恩图

Lesson 07 for Plotting in R for Biologists

这节课主要两个知识点,一个是图形分面,一个是图形嵌入。

利用ggmap绘制简单地图

简介 ggmap允许用户从Google地图下载并绘制地图。并且ggmap完美契合ggplot2,因此经ggmap绘制的图形可以作为ggplot2的图层,进而在此基础上不断添加图形元素形成十分复杂的图形。ggplot2+ggmap是地理可视化的利器。