ggplot2绘制的图形如果需要修改细节的话,没有对ggplot2有一定的了解的话是十分困难的,毕竟连创建这个包的作者Hadley Wickham都自称自己使用ggplot2的时候都需要查文档。在对ggplot2有一定了解的基础上如果需要修改ggplot图的话稍微查查文档基本能解决。
简介 ggplot2有一个十分重要的功能就是分面,而今天要讲得R包ggpubr中也有一个函数facet()专门用来进行分面操作。
简介 越学习包ggpubr越感觉其功能强大,本文主要讲解一下如何修改图形参数,我们知道ggplot2有着十分强大的绘图功能,但是其参数之复杂足以让人望而却步。ggpubr提供的函数ggpar()可以十分轻松地让我们修改图形参数,并且可以无缝对接到ggplot图形中。ggpar()可以修改以下图形参数:
图形标题,包括坐标轴标题以及图例标题 图例的位置以及外观 颜色必需的能修改 坐标轴limits 坐标转换 坐标刻度 主题 翻转等
本文主要利用ggpubr包来探索基因组数据,主要是可视化TCGA基因组数据的基因表达谱。
R语言基本绘图函数中可以利用par()以及layout()来进行图形排列,但是这两个函数对于ggplot图则不太适用,本文主要讲解如何对多ggplot图形多页面进行排列。主要讲解如何利用包gridExtra、cowplot以及ggpubr中的函数进行图形排列。
Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化,但是如果要通过ggplot2定制一套图形,尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形,对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了,ggplot2的部分语法是很晦涩的。为此 Alboukadel Kassambara创建了基于ggplot2的可视化包ggpubr用于绘制符合出版物要求的图形。