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这节课是最后一节课，主要将如何绘制热图(heatmap)。实际上关于热图的绘制，我以前写了一篇博客： R语言学习笔记之热图绘制，里面写的十分详细。但是今天热图绘制主要利用一个新的R包ComplexHeatmap进行绘制。

这节课作者命名为"Tweaking everything in a plot"。主要是对图形细节进行优化，包括：

• 题目(title)、坐标轴标签、图例标签等
• 字体
• 颜色
• 背景
• 网格线等

上次将Lesson 02&03一起讲解完了，在Lesson 04中主要解决下面几个问题

• 剔除掉染色体前缀chr
• 对染色体进行正确排序
• 对数据进行过滤
• 对部分type重命名

Lesson02主要讲了如何从Excel导入数据以及如何从UCSC、ENSEMBL和RENCODE上下载数据，因此我就将Lesson02并入Lesson03一起讲了。

简介

老早之前就知道了这门课 Plotting in R for Biologists,一直没有去学习一下，最近花时间看了一遍videos，发现讲的很不错，虽然有一节有一知识点讲的不是很清楚。学了一遍之后记点笔记，这是lesson1的学习笔记。这一节主要讲了数据读取、快速绘图以及图形保存。

前面几节课绘制的图形只有条形图，但是我们科研过程中需要绘制各种各样的图形来展现我们的数据，这节课就主要讲一下利用ggplot2绘制各种图形，这也是ggplot2的魔力所在。相同的数据可以通过不同类型的图形来可视化。本节课主要将绘制以下几类图形：

• 条形图
• 直方图
• 散点图
• 箱线图
• 小提琴图
• 密度图
• 点状图
• 线图
• 饼图
• 韦恩图

这节课主要两个知识点，一个是图形分面，一个是图形嵌入。

简介

GWAS研究中的曼哈顿图以及QQ图可以说是标配了，至于具体如何理解这两个图，可以参考我以前的博客。上周我利用自己的数据跑了个GWAS，我是利用GAPIT跑的，出的图感觉真心丑，大家可以看看：

• Polycomb group(PcG)蛋白是一组通过染色质修饰调控靶基因的抑制子，从生化和功能上可以分为两个主要的核心蛋白复合体PRC1(Polycomb repressive complex 1)和PRC2(Polycomb repressive complex 2)。PcG蛋白家族是一类在进化上极为保守的转录抑制因子。

• Pericentrometric区域是接近端粒的DNA序列，它们含有大量的重复片段即其进行拷贝的常染色质起源位置(euchromatic ancestral loci)非常相似的大量DNA序列，是基因组结构中迅速改变的区域。

简介

ggmap允许用户从Google地图下载并绘制地图。并且ggmap完美契合ggplot2，因此经ggmap绘制的图形可以作为ggplot2的图层，进而在此基础上不断添加图形元素形成十分复杂的图形。ggplot2+ggmap是地理可视化的利器。