ggpubr包学习笔记之轻松修改图形参数
简介
越学习包ggpubr越感觉其功能强大，本文主要讲解一下如何修改图形参数，我们知道ggplot2有着十分强大的绘图功能，但是其参数之复杂足以让人望而却步。ggpubr提供的函数ggpar()可以十分轻松地让我们修改图形参数，并且可以无缝对接到ggplot图形中。ggpar()可以修改以下图形参数：
- 图形标题，包括坐标轴标题以及图例标题
- 图例的位置以及外观
- 颜色必需的能修改
- 坐标轴limits
- 坐标转换
- 坐标刻度
- 主题
- 翻转等
R语言可视化学习笔记之基因组数据可视化
本文主要利用ggpubr包来探索基因组数据,主要是可视化TCGA基因组数据的基因表达谱。
利用tximport进行RNA-seq分析
简介
RNA-seq后续分析可以利用R包edgeR、DESeq2以及limma-voom等，而tximport包则可以将RNA-seq上游定量分析软件产生的结果导入到R语言中，进而方便后续的分析。具体的情况可以参考这篇文献：
Charlotte Soneson, Michael I. Love, Mark D. Robinson (2015): Differential analyses for RNA-seq: transcript-level estimates improve gene-level inferences. F1000Research http://sci-hub.cc/10.12688/f1000research.7563.1
ggplot2学习笔记之图形排列
R语言基本绘图函数中可以利用par()以及layout()来进行图形排列，但是这两个函数对于ggplot图则不太适用，本文主要讲解如何对多ggplot图形多页面进行排列。主要讲解如何利用包gridExtra、cowplot以及ggpubr中的函数进行图形排列。
R语言学习笔记之热图绘制
简介
本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：
heatmap():用于绘制简单热图的函数
heatmap.2():绘制增强热图的函数
d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包
ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R&bioconductor包（非常适用于基因组数据分析）
ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制散点图
1 简介
散点图通常用来刻画两个连续型变量之间的关系。绘制散点图时数据集中的每一个观测值都由散点图中的一个点来表示。利用包ggplot2可以绘制十分漂亮的散点图。 利用ggplot2绘图前先确保我们所使用的数据集是data.frame形式。ggplot2绘图利用映射将数据赋予给坐标轴上进而添加几何对象形成图形。绘图前先加载包ggplot2 即library(ggplot2)。
R语言data manipulation学习笔记之subset data
数据分析过程中我们常常需要从数据集中抽取部分数据，本文将介绍如何提取子数据集，主要利用R自带的函数，以后会专门介绍data manipulation包dplyr。 提取子数据集主要分为select以及exclude，这里主要介绍两种方法，一是利用操作符[]进行选取，二是利用subset()进行抽取。
R语言data manipulation学习笔记之创建变量、重命名、数据融合
数据分析中数据处理也就是data manipulation是十分繁琐的，为此我将在博客里特意建一个分类：Data Manipulation。本文将讲讲如何在R语言中创建变量、重命名以及merge。
A brief introduction of salmon
简介
Salmon是一款定量分析RNA-seq的软件，号称Fast、accurate、bias-aware and Don’t count…quantify定量分析转录本。本文主要简要的介绍一下Salmon。具体的情况可移步 Salmon官网