全基因组水平的连锁不平衡(LD)和遗传结构分析 当r2=0.1时，A亚基因组的衰退距离为0.35-0.4Mb，而C亚基因组的衰退距离为3.5-4Mb，说明甘蓝型油菜A亚基因组发生了更多的重组，使得衰退距离显著小于C亚基因组。重组的发生会打破LD，将那些容易发生重组，LD相对较低的区域称为LD热点，反之称为LD冷点。通过全基因水平的LD热点和冷点研究发现，78.16%的LD热点分布在A亚基因组而72.59%的LD冷点分布在C亚基因组。另外LD热点区间的基因密度是冷点区间的2倍多，GC含量也多于冷点区间，但是冷点区间内含有更多的转座子，这和LD反映的结果一致，说明了甘蓝型油菜A亚基因组的遗传变异更加丰富。