最近看了华中农业大学张献龙老师发在Nature Genetics上的文章 Asymmetric subgenome selection and cis-regulatory divergence during cotton domestication以及第一作者王茂军博士的博士毕业论文，十分精彩，故学习之并做适当笔记。
CpG位点(CpG sites，CG位点)：指DNA的某个区域，其上的碱基序列以胞嘧啶接着鸟嘌呤出现。CpG是“—C—磷酸—G—”的缩写，指磷酸二脂键连接了胞嘧啶和鸟嘌呤，其中C位于5’端而G位于3’端。在CpG位点中的胞嘧啶可以被甲基化为5-甲基胞嘧啶，基因内CpG位点的甲基化会改变基因的表达
Hi-C 拓扑相关结构域(TAD)是基因组上空间上分隔的一些DNA序列，TAD平均长度在1M左右，其中包含一个或数个基因以及基因的调控元件——增强子(enhancer)。增强子不仅控制基因的表达时间还控制基因在不同细胞中的选择性表达。TAD由边界原件(boundary elements，也称为绝缘子)相互隔离，因此TAD内部的基因活性独立于其它TAD