evolution

生物信息学学习笔记(六)

Tajima’s D值检验 Tajima’s D值检验的目的是鉴定目标DNA序列在进化过程中是否遵循中性进化模型。当Tajima’s D显著大于0时,可用于推断瓶颈效应和平衡选择,当Tajima’s D显著小于0时,可用于推断群体规模放大和定向选择。由于平衡选择和定向选择均属于正选择的范畴,因此只要D值显著背离0,就可能是自然选择的结果,当D值不显著背离0时,中性假说则不能被排除。 连锁不平衡程度高的染色体可能是由于在现代育种和栽培过程中那些与重要农艺性状相关的QTLs或基因被人工或自然选择保留下来,进而使得这些染色体受到强选择增强了其LD程度。另外LD的衰减距离也决定了关联分析所需要的标记密度和作图精度,LD衰减越快关联分析所需要的标记就越多,作图精度也越高。

生物信息学学习笔记(二)

Hi-C 拓扑相关结构域(TAD)是基因组上空间上分隔的一些DNA序列,TAD平均长度在1M左右,其中包含一个或数个基因以及基因的调控元件——增强子(enhancer)。增强子不仅控制基因的表达时间还控制基因在不同细胞中的选择性表达。TAD由边界原件(boundary elements,也称为绝缘子)相互隔离,因此TAD内部的基因活性独立于其它TAD