这节课是最后一节课,主要将如何绘制热图(heatmap)。实际上关于热图的绘制,我以前写了一篇博客: R语言学习笔记之热图绘制,里面写的十分详细。但是今天热图绘制主要利用一个新的R包ComplexHeatmap进行绘制。
这节课作者命名为"Tweaking everything in a plot"。主要是对图形细节进行优化,包括:
题目(title)、坐标轴标签、图例标签等 字体 颜色 背景 网格线等
上次将Lesson 02&03一起讲解完了,在Lesson 04中主要解决下面几个问题
剔除掉染色体前缀chr 对染色体进行正确排序 对数据进行过滤 对部分type重命名
Lesson02主要讲了如何从Excel导入数据以及如何从UCSC、ENSEMBL和RENCODE上下载数据,因此我就将Lesson02并入Lesson03一起讲了。
简介 老早之前就知道了这门课 Plotting in R for Biologists,一直没有去学习一下,最近花时间看了一遍videos,发现讲的很不错,虽然有一节有一知识点讲的不是很清楚。学了一遍之后记点笔记,这是lesson1的学习笔记。这一节主要讲了数据读取、快速绘图以及图形保存。
前面几节课绘制的图形只有条形图,但是我们科研过程中需要绘制各种各样的图形来展现我们的数据,这节课就主要讲一下利用ggplot2绘制各种图形,这也是ggplot2的魔力所在。相同的数据可以通过不同类型的图形来可视化。本节课主要将绘制以下几类图形:
条形图 直方图 散点图 箱线图 小提琴图 密度图 点状图 线图 饼图 韦恩图
这节课主要两个知识点,一个是图形分面,一个是图形嵌入。