R启动项配置文件

配置文件

R每次启动的时候都会读取两个文件：

• .Renviron：主要作用是设置环境变量，告诉R在哪里寻找外部程序，可以自定义用户信息

• .Rprofile：每次R启动的时候会运行里面的代码，所以如果里面设置的很多代码，R启动就会变慢

R启动的时候最开始读取.Renviron文件，接着读取.Rprofile文件

配置文件在哪里？

实际上每台电脑里存在好几个版本的配置文件，但是每次启动的时候只会读取一个，需要注意以下三个目录：

• R_HOME：R安装的文件夹，etc子目录包含配置文件，可以利用R.home()获取该目录

• HOME：用户的家目录，用户特异性的配置文件，一般是在/home/username(Linux)，c:\User\username(Windows)，可以通过Sys.getenv("HOME")获取

• R的工作目录，getwd()获取

R读取配置文件(.Renviron，.Rprofile)的优先级是工作目录>HOME>R_HOME，因此如果需要创建项目特异的配置文件的话，可以在项目根目录下创建配置文件：

file.edit("~/.Rprofile") # edit .Rprofile in HOME
file.edit(".Rprofile") # edit project specific .Rprofile

我们可以通过以下的脚本来检查是否存在配置文件：

site_path = R.home(component = "home")
fname = file.path(site_path, "etc", "Rprofile.site")
file.exists(fname)
[1] FALSE

file.exists("~/.Rprofile")
[1] TRUE

可以看到R安装的子目录etc里面不存在.Rprofile.site，但是我的家目录里面存在。

如何理解配置文件

这里创建一个简单的配置文件，我们使用file.edit("~/.Rprofile")来打开文件，添加内容并重启R

# A fun welcome message
message("Hi Tom, welcome to R")
# Customise the R prompt that prefixes every command
# (use " " for a blank prompt)
options(prompt = "R-> ")

重启之后显示：

Hi Tom, welcome to R
R->

R默认提示符是> ，这里我们设置成了R-> ，所以通过.Rprofile可以很方便个性化设置启动配置，可以参考 statmethods.net来定制化启动项。比如我一般会设置代码连接符为" "，默认的是+，每次复制代码的时候都带着一堆+号，修改后就没有了。

options(prompt = "-> ", continue = "  ")

对于我们来说最重要的就是在.Rprofile中设置默认镜像等，不然国内使用默认镜像的话下载包速度感人：

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

.Renviron文件设置环境变量等，R启动的时候首先搜索全局.Renviron，接着本地.Renviron，.Renviron一个典型应用是设置.R_LIBS，决定R包安装文件夹：

# Linux
R_LIBS=~/R/library
# Windows
R_LIBS=C:/R/library

可以通过Sys.getenv("R_LIBS_USER")看包安装的默认文件夹。

需要注意的是千万别胡乱添加，不然出错你都不知道错在哪？

参考：https://csgillespie.github.io/efficientR/set-up.html