TEsorter:转座子分类
简介
TEsorter是基于保守蛋白结构域以及
REXdb数据库进行分类。TEsorter不仅仅可以对LTR-RTs进行分类，还可以对其它Class Ⅰ以及Class Ⅱ等类型的TE进行分类，只要
REXdb数据库覆盖了的TE都可以分类，具体如下：
--mobile_element
¦--Class_I
¦ ¦--SINE
¦ ¦--LTR
¦ ¦ ¦--Ty1
¦ ¦ ¦ °--copia
¦ ¦ ¦ ¦--Ale
¦ ¦ ¦ ¦--Alesia
¦ ¦ ¦ ¦--Angela
¦ ¦ ¦ ¦--Bianca
¦ ¦ ¦ ¦--Bryco
¦ ¦ ¦ ¦--Lyco
¦ ¦ ¦ ¦--Gymco-III
¦ ¦ ¦ ¦--Gymco-I
¦ ¦ ¦ ¦--Gymco-II
¦ ¦ ¦ ¦--Ikeros
¦ ¦ ¦ ¦--Ivana
¦ ¦ ¦ ¦--Gymco-IV
¦ ¦ ¦ ¦--Osser
¦ ¦ ¦ ¦--SIRE
¦ ¦ ¦ ¦--TAR
¦ ¦ ¦ ¦--Tork
¦ ¦ ¦ °--Ty1-outgroup
¦ ¦ °--Ty3
¦ ¦ °--gypsy
¦ ¦ ¦--non-chromovirus
¦ ¦ ¦ ¦--non-chromo-outgroup
¦ ¦ ¦ ¦--Phygy
¦ ¦ ¦ ¦--Selgy
¦ ¦ ¦ °--OTA
¦ ¦ ¦ ¦--Athila
¦ ¦ ¦ °--Tat
¦ ¦ ¦ ¦--TatI
¦ ¦ ¦ ¦--TatII
¦ ¦ ¦ ¦--TatIII
¦ ¦ ¦ ¦--Ogre
¦ ¦ ¦ °--Retand
¦ ¦ °--chromovirus
¦ ¦ ¦--Chlamyvir
¦ ¦ ¦--Tcn1
¦ ¦ ¦--chromo-outgroup
¦ ¦ ¦--CRM
¦ ¦ ¦--Galadriel
¦ ¦ ¦--Tekay
¦ ¦ ¦--Reina
¦ ¦ °--chromo-unclass
¦ ¦--pararetrovirus
¦ ¦--DIRS
¦ ¦--Penelope
¦ °--LINE
°--Class_II
¦--Subclass_1
¦ °--TIR
¦ ¦--MITE
¦ ¦--EnSpm
¦ ¦ °--CACTA
¦ ¦--hAT
¦ ¦--Kolobok
¦ ¦--Merlin
¦ ¦--MuDR
¦ ¦ °--Mutator
¦ ¦--Novosib
¦ ¦--P
¦ ¦--PIF
¦ ¦ °--Harbinger
¦ ¦--PiggyBac
¦ ¦--Sola1
¦ ¦--Sola2
¦ °--Tc1
¦ °--Mariner
°--Subclass_2
°--Helitron
安装
TEsorter基于python开发的，目前有两个版本，
Python2版本以及
Python3版本,
Python3版本安装起来更友好。直接conda一键安装(推荐)即可：
conda install -c bioconda tesorter
没有conda的话也可以按下面方法安装：
- 依赖于
Python3环境以及biopython库 hmmscan 3.1x or 3.2x、blast+,加入环境变量即可
最后安装TEsorter:
git clone https://github.com/NBISweden/TEsorter
cd TEsorter
python setup.py install
使用
使用很简单：
$ TEsorter -h
usage: TEsorter [-h] [-v] [-db {rexdb,rexdb-plant,rexdb-metazoa,gydb}]
[-st {nucl,prot}] [-pre PREFIX] [-fw] [-p PROCESSORS]
[-tmp TMP_DIR] [-cov MIN_COVERAGE] [-eval MAX_EVALUE]
[-dp2] [-rule PASS2_RULE] [-nolib] [-norc] [-nocln]
sequence
positional arguments:
sequence input TE sequences in fasta format [required]
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-v, --version show program's version number and exit
-db {rexdb,rexdb-plant,rexdb-metazoa,gydb}, --hmm-database {rexdb,rexdb-plant,rexdb-metazoa,gydb}
the database used [default=rexdb]
-st {nucl,prot}, --seq-type {nucl,prot}
'nucl' for DNA or 'prot' for protein [default=nucl]
-pre PREFIX, --prefix PREFIX
output prefix [default='{-s}.{-db}']
-fw, --force-write-hmmscan
if False, will use the existed hmmscan outfile and
skip hmmscan [default=False]
-p PROCESSORS, --processors PROCESSORS
processors to use [default=4]
-tmp TMP_DIR, --tmp-dir TMP_DIR
directory for temporary files [default=./tmp]
-cov MIN_COVERAGE, --min-coverage MIN_COVERAGE
mininum coverage for protein domains in HMMScan output
[default=20]
-eval MAX_EVALUE, --max-evalue MAX_EVALUE
maxinum E-value for protein domains in HMMScan output
[default=0.001]
-dp2, --disable-pass2
do not further classify the unclassified sequences
[default=False for `nucl`, True for `prot`]
-rule PASS2_RULE, --pass2-rule PASS2_RULE
classifying rule [identity-coverage-length] in pass-2
based on simliarity [default=80-80-80]
-nolib, --no-library do not generate a library file for RepeatMasker
[default=False]
-norc, --no-reverse do not reverse complement sequences if they are
detected in minus strand [default=False]
-nocln, --no-cleanup do not clean up the temporary directory
[default=False]
建议植物的话就直接使用
rexdb-plant。
结果
rice6.9.5.liban.rexdb.domtbl HMMScan raw output
rice6.9.5.liban.rexdb.dom.faa protein sequences of domain, which can be used for phylogenetic analysis.
rice6.9.5.liban.rexdb.dom.tsv inner domains of TEs/LTR-RTs, which might be used to filter domains based on their scores and coverages.
rice6.9.5.liban.rexdb.dom.gff3 domain annotations in `gff3` format
rice6.9.5.liban.rexdb.cls.tsv TEs/LTR-RTs classifications
Column 1: raw id
Column 2: Order, e.g. LTR
Column 3: Superfamily, e.g. Copia
Column 4: Clade, e.g. SIRE
Column 5: Complete, "yes" means one LTR Copia/Gypsy element with full GAG-POL domains.
Column 6: Strand, + or - or ?
Column 7: Domains, e.g. GAG|SIRE PROT|SIRE INT|SIRE RT|SIRE RH|SIRE; `none` for pass-2 classifications
rice6.9.5.liban.rexdb.cls.lib fasta library for RepeatMasker
rice6.9.5.liban.rexdb.cls.pep the same sequences as `rice6.9.5.liban.rexdb.dom.faa`, but id is changed with classifications.
其中以.cls.tsv结尾的文件里面就有我们需要的分类信息。
限制
- 针对每一个保守结构域，只会产生最佳比对的那一个
- 很多
TE无法被分类,可能是数据库不完善、TE中突变太多，丢失了保守结构域 - 很多
TE没有保守结构域，比如非自主性转座子(Non-autonomous TEs)以及一些不活跃的自主性转座子(un-active autonomous TEs)
其他
该软件还提供了一些进化分析、序列提取的脚本，有兴趣的可以去 主页浏览。
