生物信息学学习笔记（八）

• WRKY转录因子是高等植物中10个最大的转录因子家族之一，其N-末端含有高度保守的WRKYGQK氨基酸序列。WRKY蛋白的N-端均含有1个或两个由近60个氨基酸组成的WRKY结构域，C-端均含有1个锌指结构，二者是WRKY特异性与启动子中W-box序列（C/T）TGAC（T/C）结合必不可少的组件，其中WRKY结构域中含有一段高度保守的WRKYGQK七肽序列（或者为WRKYGEK、WRKYGKK）。

• 作为转录因子，WRKY蛋白参与对细胞内特定基因的转录调控，从而产生相应的细胞反应来应对不同的外界刺激，这些刺激包括非生物胁迫和生物胁迫。WRKY转录因子也广泛参与调控植物的生长发育过程，如种子发育过程、胚胎形成、叶片衰老和新陈代谢等过程。

• 调控开花的四条信号途径

  • 光周期途径
  • 春化途径
  • 自主途径
  • 赤霉素(GA)途径

光周期途径：光周期途径中相关基因的突变体，仅在光照条件下开花时间延迟 春化途径：通过抑制开花抑制子FLC的转录,从而促进开花 自主途径：独立于光周期途径，使得那些在长光照下迅速开花的植物如拟南芥在短光照条件下最终也能开花。自主途径中的相关复合物通过限制FLC mRNA的积累，从而促使开花 GA途径：GA合成及GA信号转导相关的突变体，在短光照条件下，开花会延迟很长时间，说明在没有长光照促使开花的条件下，GA是一种刺激植物开花的重要物质

四条途径可以独立调控开花过程，但是它们有着共同的下游目标基因CO和FLC。位于CO和FLC下游的开花整合因子FT、LFY和SOC1，通过整合开花途径输出的信号，激活花分生组织特异性基因LFY和APl的表达，从而启动开花。其中FT是一个长距离信号，其蛋白通过韧皮部从叶片(伴胞细胞)转移到茎端，与FD蛋白相互作用，激活APl的表达。LFY既是开花时间基因，又是花分生组织特性基因，直接调控靶基因APl的表达。SOC1受四条开花途径的正调控，并认为可能是四条开花途径的一个整合子。SOC1可被CO的过量表达诱导和FT的过量表达快速激活。

WRKY蛋白质通过特异性结合靶基因启动子区域的(T)TGAC(C/T)(W-box)序列来调控相应基因的表达，从而在植物生长发育、形态建成、物质代谢和耐逆抗病等方面发挥生物学功能。

关于cDNA和CDS以及ORF的区别 mRNA是由编码区(CDS)、上游的5’和下游的3’非编码区组成，真核生物的mRNA的5’端带有7-甲基鸟苷-三磷酸帽子结构，3’端有多腺苷酸尾巴，但是NCBI中的mRNA序列实际上是cDNA序列，即经过反转录得到的与RNA序列互补的DNA序列，一般不包括3’多腺苷酸尾巴。一个cDNA序列被称为一个转录子，第一个碱基所在的位置为转录起始位点(TSS)，cDNA都是由外显子组成，但是编码蛋白质的外显子只有一个，即CDS(Coding Sequence)，这段序列也就是一个ORF区，也就是这个cDNA的ORF序列，参与特定基因转录及其调控的TSS上游序列称为启动子。

5’UTR-CDS-3’UTR=cDNA,cDNA包含CDS