生物信息学学习笔记（六）

Tajima’s D值检验

Tajima’s D值检验的目的是鉴定目标DNA序列在进化过程中是否遵循中性进化模型。当Tajima’s D显著大于0时，可用于推断瓶颈效应和平衡选择，当Tajima’s D显著小于0时，可用于推断群体规模放大和定向选择。由于平衡选择和定向选择均属于正选择的范畴，因此只要D值显著背离0，就可能是自然选择的结果，当D值不显著背离0时，中性假说则不能被排除。 连锁不平衡程度高的染色体可能是由于在现代育种和栽培过程中那些与重要农艺性状相关的QTLs或基因被人工或自然选择保留下来，进而使得这些染色体受到强选择增强了其LD程度。另外LD的衰减距离也决定了关联分析所需要的标记密度和作图精度，LD衰减越快关联分析所需要的标记就越多，作图精度也越高。

遗传渗透分析

亚洲栽培油菜(主要是中国半冬性油菜)从欧洲引入亚洲之后导入了油菜亲本之一白菜的遗传成分，这样拓宽了半冬性油菜A亚基因组的遗传多样性，导致半冬性油菜在A亚基因组上的遗传距离增加，LD衰减加快。半冬性油菜在上世纪30-40年代从欧洲直接或间接通过日本引进中国之后正在经历群体扩张，而且这种扩张还在继续。甘蓝和油菜杂交是不亲和的，油菜在栽培驯化中A、C亚基因组间存在很强的基因流渗透现象。

选择性消除分析

选择性消除(Selective sweep)是由于某一位点受到强选择后，其周围的位点的多态性因受该位点牵连而发生多态性降低的现象。也可以认为某个位点发生突变，突变后的位点因对物种在特定的情况下有利或者受到了人为选择，那么该突变位点在群体中的频率必然提高，但是其附近和它处在同一单体型或者block的其它位点同样跟着受到了选择，频率发生了提高，也就是单体型内的其它多态位点的某一多态形式比率大大提高，从而降低了整个周围区域的多态性。