Linux学习笔记（二）
鉴于以后要大量使用Linux系统处理生物信息学数据，因此加强自身linux系统的学习，开辟一个新的分类专门记录我学习Linux的学习笔记，一是为了我自己以后方便查看，二也是希望能帮助到其他学习Linux系统的人，共勉！！！
head
快速查看数据，以bed(只有三列)格式数据为例
$ head Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed
1 3054233 3054733
1 3054233 3054733
1 3054233 3054733
1 3102016 3102125
1 3102016 3102125
1 3102016 3102125
1 3205901 3671498
1 3205901 3216344
1 3213609 3216344
1 3205901 3207317
head默认显示前十行，可以通过参数n来指定显示几行，比如只显示三行：
$ head -n 3 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed
1 3054233 3054733
1 3054233 3054733
1 3054233 3054733
tail
与head相对的有一个命令tail,tail显示后几行，默认显示后十行，也可以通过参数n来指定显示几行：
$ tail Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed
1 195166217 195166390
1 195165745 195165851
1 195165748 195165851
1 195165745 195165747
1 195228278 195228398
1 195228278 195228398
1 195228278 195228398
1 195240910 195241007
1 195240910 195241007
1 195240910 195241007
$ tail -n 3 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed
1 195240910 195241007
1 195240910 195241007
1 195240910 195241007
基于这个特性，
tail可以用来去除数据集的前几列，通过在参数n后面添加数字(即-n +x,区别于-n 2)指定从第几行开始，比如从第三行开始，也就是剔除了前两行。
$ seq 5 > nums.txt
$ cat nums.txt
1
2
3
4
5
# 从第三行开始
$ tail -n +3 nums.txt
3
4
5
结合这两个命令，我们可以十分方便的查看一个数据集的前几行以及后几行：
$ (head -n 2; tail -n 2)< Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed
1 3054233 3054733
1 3054233 3054733
1 195240910 195241007
1 195240910 195241007
less
一般小的文件我们直接用cat进行查看，但是如果大数据集的话用cat就十分不方便查看，less就是用来查看大数据集的命令。less一次性只显示前几行，但是可以通过滚动查看后面的信息，最后按q结束。下面列出less常用的命令：
| Shortcut | Action |
|---|---|
| space bar | Next page |
| b | Previous page |
| g | First line |
| G | Last line |
| j | Down (one line at at time) |
| k | Up (one line at at time) |
| /<pattern> | Search down (forward) for string <pattern> |
| ?<pattern> | Search up (backward) for string <pattern> |
| n | Repeat last search downward (forward) |
| N | Repeat last search upward (backward) |
wc(word count)
查看数据有多少行可以用wc命令,wc会显示出数据有多少行、多少word以及多少字符(characters)。
$ wc Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed
81226 243678 1698545 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed
wc支持同时处理多个文件：
$ wc Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf
81226 243678 1698545 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed
81231 2385570 26607149 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.gtf
162457 2629248 28305694 总用量
如果只想显示多少行，添加参数l就行了：
$ wc -l Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed
81226 Mus_musculus.GRCm38.75_chr1.bed
更多用法可以用man wc查看。
