Visualization

图形组合R包patchwork

平常我们绘制图形的时候常常要将几幅图形组合在一起,有很多R包可以用于图形组合,经典的是gridExtra,还有egg。今天介绍一个新包 patchwork

R语言可视化之UpSetR包

简介 集合可视化我们用得最多的是韦恩图,韦恩图在集合数少的时候是很好用的,但是当集合数多比如五个以上的时候那就会看花眼了,比如下面这副含有6个集合韦恩图,是发表在Nature上的文章里的,漂亮是漂亮,但是眼都快看花了。

ggplot2高效实用指南

简介 本文内容基本是来源于 STHDA,这是一份十分详细的ggplot2使用指南,因此我将其翻译成中文,一是有助于我自己学习理解,另外其他R语言爱好者或者可视化爱好者可以用来学习。翻译过程肯定不能十全十美,各位读者有建议或改进的话,十分欢迎发Email(tyan@zju.edu.cn)给我。

tidyverse实践之绘制简单地图

简介 tidyverse是一个数据科学的综合包,里面包含了数据分析一系列流程涉及的包,今天主要利用它绘制地图。这并不是它的强项,绘制地图leaflet才是利器,本文只是tidyverse的一个小练习。 目前该包支持有限的几个国家,比如美国,新西兰、意大利等,当然世界地图是支持的。

创建及自定义ggplot分面图形参数

简介 ggplot2有一个十分重要的功能就是分面,而今天要讲得R包ggpubr中也有一个函数facet()专门用来进行分面操作。

一篇关于国旗与奥运会奖牌的可视化笔记

简介 本文主要介绍一个R包ggflags,可以用于绘制国旗。安装的话从 Github上利用包devtools安装。

R语言可视化学习笔记之基因组数据可视化

本文主要利用ggpubr包来探索基因组数据,主要是可视化TCGA基因组数据的基因表达谱。

ggplot2学习笔记之图形排列

R语言基本绘图函数中可以利用par()以及layout()来进行图形排列,但是这两个函数对于ggplot图则不太适用,本文主要讲解如何对多ggplot图形多页面进行排列。主要讲解如何利用包gridExtra、cowplot以及ggpubr中的函数进行图形排列。

R语言学习笔记之热图绘制

简介 本文将绘制静态与交互式热图,需要使用到以下R包和函数: heatmap():用于绘制简单热图的函数 heatmap.2():绘制增强热图的函数 d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包 ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R&bioconductor包(非常适用于基因组数据分析)

ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制散点图

1 简介 散点图通常用来刻画两个连续型变量之间的关系。绘制散点图时数据集中的每一个观测值都由散点图中的一个点来表示。利用包ggplot2可以绘制十分漂亮的散点图。 利用ggplot2绘图前先确保我们所使用的数据集是data.frame形式。ggplot2绘图利用映射将数据赋予给坐标轴上进而添加几何对象形成图形。绘图前先加载包ggplot2 即library(ggplot2)。