RNA-seq

最近有一批转录组数据需要分析，从公司拿到raw data之后进行后续分析。目前转录组测序十分成熟，测序质量都很高，所以我这里就简单地质控一下，由 fastp完成。

简介 RNA-seq后续分析可以利用R包edgeR、DESeq2以及limma-voom等，而tximport包则可以将RNA-seq上游定量分析软件产生的结果导入到R语言中，进而方便后续的分析。具体的情况可以参考这篇文献： Charlotte Soneson, Michael I. Love, Mark D. Robinson (2015): Differential analyses for RNA-seq: transcript-level estimates improve gene-level inferences. F1000Research http://sci-hub.cc/10.12688/f1000research.7563.1

简介 Salmon是一款定量分析RNA-seq的软件，号称Fast、accurate、bias-aware and Don’t count…quantify定量分析转录本。本文主要简要的介绍一下Salmon。具体的情况可移步 Salmon官网