1. 简介 油菜(Brassica napus)是世界上重要的油料作物，起源于地中海地区，大约是在7500年前由白菜(Brassica rapa)和甘蓝(Brassica oleracea)自然杂交加倍形成的异源四倍体。与白菜以及甘蓝的大量杂交，极大地扩宽了油菜的遗传多样性。为了适应自然季节变化比如春化需求、耐冬性以及光响应开花，油菜形成了不同的生态型：冬性油菜(WORs)、半冬性油菜(SWORs)以及春性油菜(SORs)。目前油菜已经公布了4个版本的参考基因组(冬油菜：Darmor-bzh,Tapidor以及半冬油菜：ZS11，NY7)。但是由于测序方法或者测序深度的限制，已公布的基因组的准确度以及完整度都不足以支撑结构变异(SV)的研究，而结构变异往往决定了遗传多样性以及重要的农艺性状。泛基因组(pan-genome)指的是一个物种所有基因的集合，包括核心基因集(core genes)以及非必需基因集(dispensable genes)。多个高质量的参考基因组有利于油菜基因组结构研究以及探究油菜不同生态型分化的遗传基础。